這一問題如果僅從理論上來分析，只要抵押人所擔保的債權不超出其抵押物的價值，其余額部分應當是可以再次設定抵押。
但是，在建工程不同于房屋。在工程建設中，施工單位墊付工程款的現象十分普遍。工程款雖說是債權，但是可以按《合同法》的規定優先受償；即在建工程一般都存在所謂“法定抵押權”。從我國司法實踐來看也是優先保護這類法定抵押權。因此，形成理論上有余額而實際不再存在。
此外，目前要求辦理在建工程抵押的大部分屬于在建的商品房，商品房的特點是要進行銷售。從我國目前的實際狀況和社會誠信程度來看，一些房地產開發企業行為很不規范，登記機關無法證實其是否已經將在建的房屋進行預售，實際上也無從控制開發企業對貸款的使用。如果出現因工程款優先受償而使抵押權無法行使時，登記機關雖然并無責任，但債權人和購房人的利益都將受到損害，極易釀成社會糾紛。
