關于小產權房屋轉讓合同的效力，目前理論界和實踐中大體有兩種聲音，第一種是反對者，認為小產權不符合國家規定，轉讓合同無效;第二種是支持者，認為國家并為規定合法建造的小產權房屋不可以買賣，法無明文禁止即許可，故小產權房轉讓合同有效。
(一)支持第一種觀點的理由：
持第一種觀點即合同無效說的理由有三，主要來自于我國現行《土地管理法》、《物權法》及國務院的有關政策性文件。其一，根據《土地管理法》第62條及其它相關條款的規定，農村和城市郊區土地屬于農民集體所有，農村宅基地使用權的取得有著嚴格的身份限制，即只有具備集體經濟組織成員的身份，才可以依法取得并享有宅基地使用權，且宅基地的分配制度實行一戶一宅制。同時，根據房地一體的原則，當宅基地上所建房屋被轉讓，該土地的使用權也隨之一并被轉讓，如果允許農村房屋出售給集體經濟組織以外的人，將導致宅基地使用權享受主體的擴大化，不具備宅基地使用權資格的人反而成為了宅基地的直接使用者，這與《土地管理法》的規定顯然是矛盾的。該法第63條明也文規定：“農村集體所有的土地使用權不得出讓、轉讓或者出租用與非農業建設。”該禁止性規定對農村集體土地使用權的流轉做了嚴格的限制，這樣看來，農村宅基地的所有權在集體，使用權僅限于村民，農民將房屋賣給城市居民實質上是使用土地進行了非農建設，該種行為被法律所禁止，轉讓合同自始無效。其二，根據《物權法》的規定，宅基地使用權屬于用益物權，而用益物權是一種不完整和受限制的所有權，其上所蓋房屋自也不具有完整的所有權，故此，其流轉條件理應受到限制，不能簡單等同于其他具備完全所有權的財產。對于所有權不完整的財產，其轉讓合同的效力至少也是有待商榷，不能徑直認定其為有效。其三，國務院辦公廳1999年《關于加強土地轉讓管理嚴禁炒賣土地通知》第二條第二款規定：“農民的住宅不得向城市居民出售，也不得批準城市居民占用農民集體土地建住宅，有關部門不得為違法建筑和購買的住宅發放土地使用證和房產證。”2007年 12月30日 《國務院辦公廳關于嚴格執行有關農村集體建設用地法律和政策的通知》、2008年中央一號文件《中共中央國務院關于切實加強農業基礎設施進一步促進農業發展農民增收的若干意見》都明確表示：城鎮居民不得到農村購買宅基地、農民住宅或“小產權房”。無從獲得土地使用證、房產證、契稅證等合法手續的房產，其上利益難以獲得有效的法律保障，如果放任該類房屋自由轉讓，不僅會破壞原有的房地產市場的交易秩序，也將引發諸多的社會矛盾，不利于社會的穩定和經濟的發展。
(二)支持第二種觀點的理由：
第二種觀點即轉讓合同有效說。支持這種觀點的理由也有三個，其一源自國務院有關文件及最高法院的司法解釋復函精神。1963年3月20日中共中央《關于對社員宅基地問題做一些補充規定的通知》第二項規定：“社員有買賣房屋的權力。房屋出賣后，宅基地的使用權即隨之轉移給房主，但宅基地所有權仍歸集體所有。”這一規定明確了農民享有買賣房屋的權利。房屋出賣后，宅基地的所有權仍歸集體所有，但使用權隨房屋所有權的轉移而歸受讓方享有。最高人民法院(1992)民他字第8號復函中也明確規定，“農村房屋買賣應具備書面契約、中人證明等要件，要求辦理過戶手續的地方還應依法辦理該項手續。”這一規定肯定了農村房屋買賣原則上不以所有權登記為生效要件，同時也間接的肯定了農村宅基地房屋是允許買賣的。其二，《土地管理法》第62、63條的規定，從立法本意來分析，其禁止的僅是對宅基地使用權的單獨轉讓，但在宅基地上的房屋所有權發生流轉的情況下，該宅基地使用權的附隨轉讓并不禁止。關于農民房屋可否轉讓的問題，從物權的角度來說也應該是被允許的。所謂物權，是指公民、法人依法有的直接支配特定物并對抗第三人的財產權利。物權本質上是一種支配權，是權利人對物的直接支配，具有對抗第三人的效力。而所有權是完全物權，包含占有、適用、收益、處分四項權能，其中處分權是所有權的標志，也是核心權能。既然農村房屋的所有權歸屬村民，那么村民對其房屋本應享有絕對的支配權，其中當然含轉讓權，若將該權利剝離，則很難謂之對房屋享有所有權了。《關于加強土地轉讓管理嚴禁炒賣土地通知》中規定，農民的住宅不得向城市居民出售，該規定本身違背了《物權法》的立法精神，損害了所有權的權能。且該文件本身的效力在物權法之下，故應以物權法為準。其三，認定合同無效，應當以《合同法》中規定的合同有效要件為標準，符合合同有效要件的合同則為有效。《合同法》規定的合同有效要件主要包括四個方面，1、合同當事人具有民事權利能力和民事行為能力。2、意思表示真實。3、合同內容不違反法律、行政法規的強制性規定和社會的公序良俗。4、形式上符合法律要求或者規定，有約定的還應當符合約定。另外，國務院《關于加強土地轉讓管理嚴禁土地炒賣的通知》雖然規定農民的住宅不得向城市居民出售，但該通知在形式上既不是法律也不是行政法規，不能作為認定合同無效的根據。再者，土地管理法等一些法律也都僅規定了宅基地禁止買賣的條款，并未禁止農村房屋的買賣，雖然宅基地和其上房屋緊密相關，但畢竟是兩個不同的概念，面對該類糾紛，在法律適用上還應區別對待。故此，在審判實踐中，應結合個案實際來判定合同有效與否，不能一概而論，只要小產權房轉讓合同符合上述四項要求，就應當認定為合法有效，而非當然無效。根據某地方中級人民法院的調查顯示，農村房屋買賣合同的效力，絕大多數法官的觀點是農村房屋買賣有效。他們認為，對合同的效力認定應適用合同法的規定，只要該類和同是雙方的真實意思表示，不違反法律和行政法規，不存在《合同法》第四十四條、五十二條規定的無效情形，就對雙方當事人具有法律約束力，當事人應當按照從維護交易秩序的穩定和安全的角度著眼，法院也應認定合同有效。
